Jason Arnott aloitti NHL-uransa Edmonton Oilersilla kaudella 1993-94, heti varauksensa jälkeen. Tulokaskausi toi komeat 68 pistettä. Parempaan ovat hänen jälkeensä yltäneet suoraan varaustilaisuuden jälkeen vain Sidney Crosby ja Patrick Kane.
Arnottin matka jatkui kaudella 1997-98 New Jersey Devilsiin, jossa hän voitti myös Stanley Cupin vuonna 2000. Arnott teki voittomaalin toisella jatkoajalla ottelusarjan ratkaissessa kuudennessa ottelussa. Suurista voitoista hän oli aikaisemmin saavuttanut maailmanmestaruuden vuonna 1994.
Devilsin jälkeen Arnott pelasi vielä Dallas Starsissa, Nashville Predatorsissa, Washington Capitalsissa ja St. Louis Bluesissa, minkä lisäksi hän teki toisen visiitin New Jerseyyn. Predatorsissa Arnott toimi joukkueen kapteenina 2007-10.
39-vuotias Arnott pelasi kaikkiaan 1244 NHL-runkosarjaottelua tehoin 417+521.