Jon Cooper aloitti Lightningin päävalmentajana maaliskuussa 2013, kun hänen edeltäjänsä Guy Boucher sai potkut tehtävistään. Kahden täyden kauden aikana Cooper on vienyt Lightningin pudotuspeleihin molempina kertoina. Viime keväänä matka jatkui aina Stanley Cupin finaaleihin, joissa Chicago Blackhawks oli kuitenkin parempi.
Ennen pestiään Lightningissa Cooper ehti voittaa farmijoukkue Norfolk Admiralsin kanssa AHL:n mestaruuden vuonna 2012.
